Les ressources du Fonds sont constituées par:
 les contributions des Communes prélevées sur les impôts communaux qui leur sont affectés, à hauteur des quotités définies par les textes législatifs et réglementaires;
 les contributions des Régions prélevées sur les impôts, droits et taxes qui leur sont affectés, à hauteur des quotités définies par les textes législatifs et réglementaires;
 les subventions de l’Etat;
 le produit issu des dépôts à terme, des placements de fonds et des prises de participation dans les entreprises et les sociétés;
 les emprunts;
 les ressources provenant de la coopération nationale et internationale;
 les ressources issues de la valorisation de son patrimoine;
 les dons et legs;
 les ressources propres générées par ses activités et services;
 le produit issu des remboursements des dettes des Collectivités Territoriales Décentralisées;
 toutes autres ressources dont la gestion lui est confiée au regard de ses missions.

Les ressources financières du Fonds sont des deniers publics gérés suivant les règles prévues par le régime financier de l’Etat. Toutefois, les fonds provenant des Conventions et Accords internationaux sont gérés suivant les modalités prévues par ces Conventions et Accords.